Стоит ли мне вообще беспокоиться об этом?

Он должен находиться во влажном затененном месте, потому что обычно солнечные ультрафиолетовые лучи довольно быстро убивают поверхностную плесень. Но как только она проникнет под поверхность, вам понадобится отбеливатель, уксус или какой-нибудь биоцид, чтобы убить ее.
Если пятно непрозрачное, я бы посоветовал обратиться к вашему поставщику и узнать, есть ли у него противогрибковое покрытие.

Лично я бы не стал слишком беспокоиться об этом… вымойте палубу, дайте ей высохнуть на жарком летнем солнце в течение нескольких дней, а затем испачкайте ее.